Jan Halborg Jensen
Professor
- Udgivet
In Silico prediction of mutant HIV-1 proteases cleaving a target sequence
Jensen, Jan Halborg, Willemoës, Martin, Winther, Jakob R. & De Vico, L., 2014, I: P L o S One. 9, 5, 11 s., 5.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
In silico screening of 393 mutants facilitates enzyme engineering of amidase activity in CalB
Hediger, M. R., De Vico, L., Rannes, J. B., Jäckel, C., Besenmatter, W., Svendsen, A. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PeerJ. 1, 15 s., e145.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A Neural Network Approach for Property Determination of Molecular Solar Cell Candidates
Christensen, Oliver, Schlosser, Rasmus Dalsgaard, Nielsen, R. B., Johansen, J., Koerstz, M., Jensen, Jan Halborg & Mikkelsen, Kurt Valentin, 2022, I: Journal of Physical Chemistry A. 126, 10, s. 8 1681 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A computational method for the systematic screening of reaction barriers in enzymes: searching for Bacillus circulans xylanase mutants with greater activity towards a synthetic substrate
Hediger, M. R., Svendsen, C. S., De Vico, L. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PeerJ. 1, 19 s., e111.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A computational methodology to screen activities of enzyme variants
Hediger, M. R., De Vico, L., Svendsen, A., Besenmatter, W. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: P L o S One. 7, 12, 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A graph-based genetic algorithm and generative model/Monte Carlo tree search for the exploration of chemical space
Jensen, Jan Halborg, 2019, I: Chemical Science. 10, 12, s. 3567-3572Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A third-generation dispersion and third-generation hydrogen bonding corrected PM6 method: PM6-D3H+
Kromann, J. C., Christensen, A. S., Svendsen, C. S., Korth, M. & Jensen, Jan Halborg, 2014, I: PeerJ. 2, s. e449Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Analytic gradient for the adaptive frozen orbital bond detachment in the fragment molecular orbital method
Fedorov, D. G., Avramov, P. V., Jensen, Jan Halborg & Kitaura, K., 2009, I: Chemical Physics Letters. 477, 1-3, s. 169-175 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Automated quantum chemistry for estimating nucleophilicity and electrophilicity with applications to retrosynthesis and covalent inhibitors
Ree, Nicolai, Göller, A. H. & Jensen, Jan Halborg, 2024, I: Digital Discovery. 3, 2, s. 347-354 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bayesian inference of protein structure from chemical shift data
Bratholm, L. A., Christensen, A. S., Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2015, I: PeerJ. 3, 19 s., e861.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
BioFET-SIM: a tool for the analysis and prediction of signal changes in nanowire-based field effect transistor biosensors
Hediger, M. R., Martinez, Karen Laurence, Nygård, Jesper, Brandbyge, M., Jensen, Jan Halborg & De Vico, L., 2013, Nanoscale sensors. 978-3-319-02771-5: Springer, s. 55-86 32 s. (Lecture Notes in Nanoscale Science and Technology, Bind 15).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
BioFET-SIM web interface: implementation and two applications
Hediger, M. R., Jensen, Jan Halborg & De Vico, L., 2012, I: P L o S One. 7, 10, 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Calculating pH and salt dependence of protein-protein binding
Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Current Pharmaceutical Biotechnology. 9, s. 96-102Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Calculations of Reduction Potentials and pKa Values
Li, H. & Jensen, Jan Halborg, 2009, Computational Inorganic and Bioinorganic Chemistry. Solomon, E. I., Scott, R. A. & King, R. B. (red.). Wiley, s. 109-122 14 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning
- Udgivet
Chemical space exploration: how genetic algorithms find the needle in the haystack
Henault, E. S., Rasmussen, Maria Harris & Jensen, Jan Halborg, 2020, I: PeerJ Physical Chemistry. 2, e11, 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Computational Evolution Of New Catalysts For The Morita–Baylis–Hillman Reaction
Seumer, Julius Johannes, Hansen, Jonathan Kirschner Solberg, Nielsen, Mogens Brøndsted & Jensen, Jan Halborg, 2023, I: Angewandte Chemie. 135, 18, 8 s., e202218565.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Covalent bond fragmentation suitable to describe surfaces in the fragment molecular orbital method
Fedorov, D. G., Deka, R. C., Kitaura, K. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Journal of Physical Chemistry A. 112, s. 11808–11816Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Definitive Benchmark Study of Ring Current Effects on Amide Proton Chemical Shifts
Christensen, A. S., Sauer, Stephan P. A. & Jensen, Jan Halborg, 1 jun. 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 7, s. 2078 2084 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Do machines dream of atoms? Crippen's logP as a quantitative molecular benchmark for explainable AI heatmaps
Rasmussen, Maria Harris, Christensen, D. S. & Jensen, Jan Halborg, 2023, I: SciPost Chemistry. 2, 1, 25 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effect of mutations on the thermostability of Aspergillus aculeatus β-1,4-galactanase
Torpenholt, S. K., De Maria, L., Olsson, M. H. M., Christensen, L. H., Skjøt, M., Westh, P., Jensen, Jan Halborg & Lo Leggio, Leila, 2015, I: Computational and Structural Biotechnology Journal. 13, s. 256-264 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effects of buffer composition and dilution on nanowire field-effect biosensors
Lloret, N. D. C., Frederiksen, R. S., Møller, T. C., Rieben, N. I., Upadhyay, S., De Vico, L., Jensen, Jan Halborg, Nygård, Jesper & Martinez, Karen Laurence, 2013, I: Nanotechnology. 24, 3, 035501.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Empirical corrections and pair interaction energies in the fragment molecular orbital method
Fedorov, D. G., Kromann, J. C. & Jensen, Jan Halborg, 2018, I: Chemical Physics Letters. 706, s. 328-333 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Energy Gradients in Combined Fragment Molecular Orbital and Polarizable Continuum Model (FMO/PCM) Calculation
Li, H., Fedorov, D. G., Nagata, T., Kitaura, K., Jensen, Jan Halborg & Gordon, M. S., 2010, I: Journal of Computational Chemistry. 32, s. 778-790Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Exchange repulsion between effective fragment potentials and ab initio molecules
Kemp, D. D., Rintelman, J. M., Gordon, M. S. & Jensen, Jan Halborg, 2010, I: Theoretical Chemistry Accounts. 125, s. 481–491Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
FTIR Spectroscopy Combined with Quantum Chemical Calculations to Investigate Adsorbed Nitrate on Aluminum Oxide Surfaces in the Presence and Absence of Co-Adsorbed Water
Baltrusaitis, J., Schuttlefield, J. D., Jensen, Jan Halborg & Grassian, V. H., 2007, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 9, s. 4970-4981Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fast and accurate prediction of the regioselectivity of electrophilic aromatic substitution reactions
Kromann, J. C., Jensen, Jan Halborg, Kruszyk, M., Jessing, M. & Jørgensen, M., 2018, I: Chemical Science. 9, 3, s. 660-665 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fast and automated identification of reactions with low barriers using meta-MD simulations
Rasmussen, Maria Harris & Jensen, Jan Halborg, 2022, I: PeerJ Physical Chemistry. 4, 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fast and automated identification of reactions with low barriers: the decomposition of 3-hydroperoxypropanal
Koerstz, M., Rasmussen, Maria Harris & Jensen, Jan Halborg, 2021, I: SciPost Chemistry. 1, 1, 34 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fast and automatic estimation of transition state structures using tight binding quantum chemical calculations
Rasmussen, Maria Harris & Jensen, Jan Halborg, 2020, I: PeerJ Physical Chemistry. 2, e15, 2.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
FragBuilder: an efficient Python library to setup quantum chemistry calculations on peptides models
Christensen, A. S., Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2014, I: PeerJ. 2, e277.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
FragIt: a tool to prepare input files for fragment based quantum chemical calculations
Svendsen, C. S., Ibsen, M. W., Hansen, A. S. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: PLoS ONE. 7, 9, 10 s., e44480.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fully integrated effective fragment molecular orbital method
Pruitt, S. R., Svendsen, C. S., Jensen, Jan Halborg & Gordon, M. S., 2013, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 9, 5, s. 2235-2249 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic algorithm-based re-optimization of the Schrock catalyst for dinitrogen fixation
Strandgaard, Magnus, Seumer, Julius Johannes, Benediktsson, B., Bhowmik, A., Vegge, T. & Jensen, Jan Halborg, 2023, I: PeerJ Physical Chemistry. 5, 17 s., e30.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Graphical analysis of pH-dependent properties of proteins predicted using PROPKA
Rostkowski, M. P., Olsson, M. H. M., Søndergaard, C. R. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: B M C Structural Biology. 11, 6Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High throughput virtual screening of 230 billion molecular solar heat battery candidates
Koerstz, M., Christensen, A. S., Mikkelsen, Kurt Valentin, Nielsen, Mogens Brøndsted & Jensen, Jan Halborg, 2021, I: PeerJ Physical Chemistry. 3, 18 s., e16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hybrid RHF/MP2 geometry optimizations with the effective fragment molecular orbital method
Christensen, A. S., Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2014, I: PloS one. 9, 2, 6 s., e88800.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improved Treatment of Ligands and Coupling Effects in Empirical Calculation and Rationalization of pKa Values
Søndergaard, C. R., Olsson, M. H. M., Rostkowski, M. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 7, s. 2284-2295 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improving solvation energy predictions using the SMD solvation method and semiempirical electronic structure methods
Kromann, J. C., Steinmann, C. & Jensen, Jan Halborg, 14 sep. 2018, I: Journal of Chemical Physics. 149, 10, 8 s., 104102 .Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Indium arsenide nanowire field-effect transistors for pH and biological sensing
Upadhyay, S., Frederiksen, R. S., Lloret, N. D. C., De Vico, L., Krogstrup, Peter, Jensen, Jan Halborg, Martinez, Karen Laurence & Nygård, Jesper, 2014, I: Applied Physics Letters. 104, 20, 5 s., 203504.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interface of the polarizable continuum model of solvation with semi-empirical methods in the GAMESS program
Svendsen, C. S., Blædel, K. L., Christensen, A. S. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PloS one. 8, 7, 6 s., e67725.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Intermolecular interactions in the condensed phase: Evaluation of semi-empirical quantum mechanical methods
Christensen, A. S., Kromann, J. C., Jensen, Jan Halborg & Cui, Q., 2017, I: Journal of Chemical Physics. 147, 16, 8 s., 161704.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mapping enzymatic catalysis using the effective fragment molecular orbital method: towards all ab initio biochemistry
Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLOS ONE. 8, 4, 11 s., e60602.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Molecular modeling basics
Jensen, Jan Halborg, 2010, CRC Press. 175 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations
Dolinsky, T. J., Czodrowski, P., Li, H., Jensen, Jan Halborg, Nielsen, J., Klebe, G. & Baker, N. A., 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, s. W522-W525Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure
Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PROPKA3: Consistent Treatment of Internal and Surface Residues in Empirical pKa Predictions
Olsson, M. H. M., Søndergaard, C. R., Rostkowski, M. P. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 2, s. 525-537Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting accurate absolute binding energies in aqueous solution: thermodynamic considerations for electronic structure methods
Jensen, Jan Halborg, 2015, I: Physical chemistry chemical physics : PCCP. 17, 19, s. 12441-12451 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting and rationalizing the effect of surface charge distribution and orientation on nanowire based bioFET sensors
De Vico, L., Iversen, L., Sørensen, M. H., Brandbyge, M., Nygård, Jesper, Martinez, Karen Laurence & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Nanoscale. 3, 9, s. 3635-3640 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting pKa for proteins using COSMO-RS
Andersson, M. P., Jensen, Jan Halborg & Stipp, S. L. S., 2013, I: PeerJ. 1, 7 s., e198.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction and rationalization of the pH-dependence of activity and stability of family 11 xylanases
Kongsted, J., Ryde, U., Wydra, J. & Jensen, Jan Halborg, 2007, I: Biochemistry. 46, s. 13581-13592Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4057
Flest downloads
-
2308
downloads
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1766
downloads
BioFET-SIM web interface: implementation and two applications
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1658
downloads
A computational method for the systematic screening of reaction barriers in enzymes: searching for Bacillus circulans xylanase mutants with greater activity towards a synthetic substrate
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet