Jan Halborg Jensen
Professor
- 2007
- Udgivet
FTIR Spectroscopy Combined with Quantum Chemical Calculations to Investigate Adsorbed Nitrate on Aluminum Oxide Surfaces in the Presence and Absence of Co-Adsorbed Water
Baltrusaitis, J., Schuttlefield, J. D., Jensen, Jan Halborg & Grassian, V. H., 2007, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 9, s. 4970-4981Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Surface Reactions of Carbon Dioxide at the Adsorbed Water – Oxide Interface
Baltrusaitis, J., Schuttlefield, J. D., Zeitler, E., Jensen, Jan Halborg & Grassian, V. H., 2007, I: Journal of Physical Chemistry C. 111, s. 14870-14880Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations
Dolinsky, T. J., Czodrowski, P., Li, H., Jensen, Jan Halborg, Nielsen, J., Klebe, G. & Baker, N. A., 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, s. W522-W525Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The effective fragment potential: a general method for predicting intermolecular interactions
Gordon, M. S., Slipchenko, L., Li, H. & Jensen, Jan Halborg, 2007, Annual Reports in Computational Chemistry. Spellmeyer, D. C. & Wheeler, R. A. (red.). Elsevier, Bind 3. s. 177-193Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning
- Udgivet
Prediction and rationalization of the pH-dependence of activity and stability of family 11 xylanases
Kongsted, J., Ryde, U., Wydra, J. & Jensen, Jan Halborg, 2007, I: Biochemistry. 46, s. 13581-13592Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sugar folding: A novel structural prediction tool for oligosaccharides and polysaccharides I
Xia, J., Daly, R. P., Chuang, F., Parker, L. L., Jensen, Jan Halborg & Margulis, C. J., 2007, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 3, s. 1620-1628Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sugar folding: A novel structural prediction tool for oligosaccharides and polysaccharides II
Xia, J., Daly, R. P., Chuang, F., Parker, L. L., Jensen, Jan Halborg & Margulis, C. J., 2007, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 3, s. 1629-1643Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2008
- Udgivet
Very Fast Prediction and Rationalization of pKa Values for Protein-Ligand Complexes
Bas, D. C., Rogers, D. M. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Proteins - Structure Function and Bioinformatics. 73, s. 765-783Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Role of the virtual orbitals and HOMO-LUMO gap in mean-field approximations to the conductance of molecular junctions
Cehovin, A., Mera Couto, H., Jensen, Jan Halborg, Stokbro, K. & Pedersen, T. B., 2008, I: Physical Review B Condensed Matter. 77, 19Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Covalent bond fragmentation suitable to describe surfaces in the fragment molecular orbital method
Fedorov, D. G., Deka, R. C., Kitaura, K. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Journal of Physical Chemistry A. 112, s. 11808–11816Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Calculating pH and salt dependence of protein-protein binding
Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Current Pharmaceutical Biotechnology. 9, s. 96-102Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Short strong hydrogen bonds in proteins: a case study of rhamnogalacturonan acetylesterase
Langkilde, Annette Eva, Kristensen, S. M., Lo Leggio, Leila, Mølgaard, A., Jensen, Jan Halborg, Houk, A. R., Poulsen, Jens-Christian Navarro, Larsen, Sine & Kauppinen, S., 2008, I: Acta Crystallographica. Section D: Biological Crystallography. 64, s. 851-863Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein – Protein Binding is Often Associated With Changes in Protonation State
Mason, A. C. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Proteins - Structure Function and Bioinformatics. 71, 1, s. 81-91Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rationalization of the Difference in Lifetime of Two Covalent Sialosyl-Enzyme Intermediates in Trypanosoma rangeli Sialidase
Parker, L. L., Chung, Y., Margulis, C. J. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Journal of Physical Chemistry B. 112, s. 14093-14095Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2009
- Udgivet
Analytic gradient for the adaptive frozen orbital bond detachment in the fragment molecular orbital method
Fedorov, D. G., Avramov, P. V., Jensen, Jan Halborg & Kitaura, K., 2009, I: Chemical Physics Letters. 477, 1-3, s. 169-175 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Calculations of Reduction Potentials and pKa Values
Li, H. & Jensen, Jan Halborg, 2009, Computational Inorganic and Bioinorganic Chemistry. Solomon, E. I., Scott, R. A. & King, R. B. (red.). Wiley, s. 109-122 14 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning
- 2010
- Udgivet
Molecular modeling basics
Jensen, Jan Halborg, 2010, CRC Press. 175 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Exchange repulsion between effective fragment potentials and ab initio molecules
Kemp, D. D., Rintelman, J. M., Gordon, M. S. & Jensen, Jan Halborg, 2010, I: Theoretical Chemistry Accounts. 125, s. 481–491Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Energy Gradients in Combined Fragment Molecular Orbital and Polarizable Continuum Model (FMO/PCM) Calculation
Li, H., Fedorov, D. G., Nagata, T., Kitaura, K., Jensen, Jan Halborg & Gordon, M. S., 2010, I: Journal of Computational Chemistry. 32, s. 778-790Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Effective Fragment Molecular Orbital Method: A Merger of the Fragment Molecular Orbital and Effective Fragment Potential Methods
Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2010, I: Journal of Physical Chemistry A. 114, s. 8705-8712Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2011
- Udgivet
Definitive Benchmark Study of Ring Current Effects on Amide Proton Chemical Shifts
Christensen, A. S., Sauer, Stephan P. A. & Jensen, Jan Halborg, 1 jun. 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 7, s. 2078 2084 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting and rationalizing the effect of surface charge distribution and orientation on nanowire based bioFET sensors
De Vico, L., Iversen, L., Sørensen, M. H., Brandbyge, M., Nygård, Jesper, Martinez, Karen Laurence & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Nanoscale. 3, 9, s. 3635-3640 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantifying signal changes in nano-wire based biosensors
De Vico, L., Sørensen, M. H., Iversen, L., Rogers, D. M., Sørensen, B. S., Brandbyge, M., Nygård, Jesper, Martinez, Karen Laurence & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Nanoscale. 3, s. 706-717 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PROPKA3: Consistent Treatment of Internal and Surface Residues in Empirical pKa Predictions
Olsson, M. H. M., Søndergaard, C. R., Rostkowski, M. P. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 2, s. 525-537Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Graphical analysis of pH-dependent properties of proteins predicted using PROPKA
Rostkowski, M. P., Olsson, M. H. M., Søndergaard, C. R. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: B M C Structural Biology. 11, 6Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improved Treatment of Ligands and Coupling Effects in Empirical Calculation and Rationalization of pKa Values
Søndergaard, C. R., Olsson, M. H. M., Rostkowski, M. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 7, s. 2284-2295 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2012
- Udgivet
A computational methodology to screen activities of enzyme variants
Hediger, M. R., De Vico, L., Svendsen, A., Besenmatter, W. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: P L o S One. 7, 12, 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
BioFET-SIM web interface: implementation and two applications
Hediger, M. R., Jensen, Jan Halborg & De Vico, L., 2012, I: P L o S One. 7, 10, 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
FragIt: a tool to prepare input files for fragment based quantum chemical calculations
Svendsen, C. S., Ibsen, M. W., Hansen, A. S. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: PLoS ONE. 7, 9, 10 s., e44480.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The effective fragment molecular orbital method for fragments connected by covalent bonds
Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: P L o S One. 7, 7, 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
- Udgivet
Predicting pKa for proteins using COSMO-RS
Andersson, M. P., Jensen, Jan Halborg & Stipp, S. L. S., 2013, I: PeerJ. 1, 7 s., e198.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure
Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, Wouter, Lindorff-Larsen, Kresten, Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
In silico screening of 393 mutants facilitates enzyme engineering of amidase activity in CalB
Hediger, M. R., De Vico, L., Rannes, J. B., Jäckel, C., Besenmatter, W., Svendsen, A. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PeerJ. 1, 15 s., e145.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A computational method for the systematic screening of reaction barriers in enzymes: searching for Bacillus circulans xylanase mutants with greater activity towards a synthetic substrate
Hediger, M. R., Svendsen, C. S., De Vico, L. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PeerJ. 1, 19 s., e111.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
BioFET-SIM: a tool for the analysis and prediction of signal changes in nanowire-based field effect transistor biosensors
Hediger, M. R., Martinez, Karen Laurence, Nygård, Jesper, Brandbyge, M., Jensen, Jan Halborg & De Vico, L., 2013, Nanoscale sensors. 978-3-319-02771-5: Springer, s. 55-86 32 s. (Lecture Notes in Nanoscale Science and Technology, Bind 15).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The molecule calculator: a web application for fast quantum mechanics-based estimation of molecular properties
Jensen, Jan Halborg & Kromann, J. C., 2013, I: Journal of Chemical Education. 90, 8, s. 1093-1095 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effects of buffer composition and dilution on nanowire field-effect biosensors
Lloret, N. D. C., Frederiksen, R. S., Møller, T. C., Rieben, N. I., Upadhyay, S., De Vico, L., Jensen, Jan Halborg, Nygård, Jesper & Martinez, Karen Laurence, 2013, I: Nanotechnology. 24, 3, 035501.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fully integrated effective fragment molecular orbital method
Pruitt, S. R., Svendsen, C. S., Jensen, Jan Halborg & Gordon, M. S., 2013, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 9, 5, s. 2235-2249 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interface of the polarizable continuum model of solvation with semi-empirical methods in the GAMESS program
Svendsen, C. S., Blædel, K. L., Christensen, A. S. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PloS one. 8, 7, 6 s., e67725.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mapping enzymatic catalysis using the effective fragment molecular orbital method: towards all ab initio biochemistry
Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLOS ONE. 8, 4, 11 s., e60602.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
FragBuilder: an efficient Python library to setup quantum chemistry calculations on peptides models
Christensen, A. S., Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2014, I: PeerJ. 2, e277.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hybrid RHF/MP2 geometry optimizations with the effective fragment molecular orbital method
Christensen, A. S., Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2014, I: PloS one. 9, 2, 6 s., e88800.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
In Silico prediction of mutant HIV-1 proteases cleaving a target sequence
Jensen, Jan Halborg, Willemoës, Martin, Winther, Jakob R. & De Vico, L., 2014, I: P L o S One. 9, 5, 11 s., 5.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A third-generation dispersion and third-generation hydrogen bonding corrected PM6 method: PM6-D3H+
Kromann, J. C., Christensen, A. S., Svendsen, C. S., Korth, M. & Jensen, Jan Halborg, 2014, I: PeerJ. 2, s. e449Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rationalization of the pKa values of alcohols and thiols using atomic charge descriptors and its application to the prediction of amino acid pKa's
Ugur, I., Marion, A., Parant, S., Jensen, Jan Halborg & Monard, G., 2014, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 54, 8, s. 2200-2213 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Indium arsenide nanowire field-effect transistors for pH and biological sensing
Upadhyay, S., Frederiksen, R. S., Lloret, N. D. C., De Vico, L., Krogstrup, Peter, Jensen, Jan Halborg, Martinez, Karen Laurence & Nygård, Jesper, 2014, I: Applied Physics Letters. 104, 20, 5 s., 203504.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
- Udgivet
Bayesian inference of protein structure from chemical shift data
Bratholm, L. A., Christensen, A. S., Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2015, I: PeerJ. 3, 19 s., e861.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting accurate absolute binding energies in aqueous solution: thermodynamic considerations for electronic structure methods
Jensen, Jan Halborg, 2015, I: Physical chemistry chemical physics : PCCP. 17, 19, s. 12441-12451 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ProCS15: a DFT-based chemical shift predictor for backbone and Cβatoms in proteins
Larsen, A. S., Bratholm, L. A., Christensen, A. S., Channir, M. & Jensen, Jan Halborg, 2015, I: PeerJ. 3, 19 s., e1344.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4057
Flest downloads
-
2312
downloads
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1767
downloads
BioFET-SIM web interface: implementation and two applications
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1658
downloads
A computational method for the systematic screening of reaction barriers in enzymes: searching for Bacillus circulans xylanase mutants with greater activity towards a synthetic substrate
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet