Jan Halborg Jensen

Jan Halborg Jensen

Professor

Medlem af:

    ORCID: 0000-0002-1465-1010

    Udgivelsesår:
    Alle
    1 - 50 ud af 80Pr. side: 50
    Sortering: Udgivelsesdato
    1. 2007
    2. Udgivet

      FTIR Spectroscopy Combined with Quantum Chemical Calculations to Investigate Adsorbed Nitrate on Aluminum Oxide Surfaces in the Presence and Absence of Co-Adsorbed Water

      Baltrusaitis, J., Schuttlefield, J. D., Jensen, Jan Halborg & Grassian, V. H., 2007, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 9, s. 4970-4981

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    3. Udgivet

      PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations

      Dolinsky, T. J., Czodrowski, P., Li, H., Jensen, Jan Halborg, Nielsen, J., Klebe, G. & Baker, N. A., 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, s. W522-W525

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    4. Udgivet

      Prediction and rationalization of the pH-dependence of activity and stability of family 11 xylanases

      Kongsted, J., Ryde, U., Wydra, J. & Jensen, Jan Halborg, 2007, I: Biochemistry. 46, s. 13581-13592

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    5. Udgivet

      Sugar folding: A novel structural prediction tool for oligosaccharides and polysaccharides I

      Xia, J., Daly, R. P., Chuang, F., Parker, L. L., Jensen, Jan Halborg & Margulis, C. J., 2007, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 3, s. 1620-1628

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    6. Udgivet

      Sugar folding: A novel structural prediction tool for oligosaccharides and polysaccharides II

      Xia, J., Daly, R. P., Chuang, F., Parker, L. L., Jensen, Jan Halborg & Margulis, C. J., 2007, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 3, s. 1629-1643

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    7. Udgivet

      Surface Reactions of Carbon Dioxide at the Adsorbed Water – Oxide Interface

      Baltrusaitis, J., Schuttlefield, J. D., Zeitler, E., Jensen, Jan Halborg & Grassian, V. H., 2007, I: Journal of Physical Chemistry C. 111, s. 14870-14880

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    8. Udgivet

      The effective fragment potential: a general method for predicting intermolecular interactions

      Gordon, M. S., Slipchenko, L., Li, H. & Jensen, Jan Halborg, 2007, Annual Reports in Computational Chemistry. Spellmeyer, D. C. & Wheeler, R. A. (red.). Elsevier, Bind 3. s. 177-193

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning

    9. 2008
    10. Udgivet

      Calculating pH and salt dependence of protein-protein binding

      Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Current Pharmaceutical Biotechnology. 9, s. 96-102

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    11. Udgivet

      Covalent bond fragmentation suitable to describe surfaces in the fragment molecular orbital method

      Fedorov, D. G., Deka, R. C., Kitaura, K. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Journal of Physical Chemistry A. 112, s. 11808–11816

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    12. Udgivet

      Protein – Protein Binding is Often Associated With Changes in Protonation State

      Mason, A. C. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Proteins - Structure Function and Bioinformatics. 71, 1, s. 81-91

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    13. Udgivet

      Rationalization of the Difference in Lifetime of Two Covalent Sialosyl-Enzyme Intermediates in Trypanosoma rangeli Sialidase

      Parker, L. L., Chung, Y., Margulis, C. J. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Journal of Physical Chemistry B. 112, s. 14093-14095

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    14. Udgivet

      Role of the virtual orbitals and HOMO-LUMO gap in mean-field approximations to the conductance of molecular junctions

      Cehovin, A., Mera Couto, H., Jensen, Jan Halborg, Stokbro, K. & Pedersen, T. B., 2008, I: Physical Review B Condensed Matter. 77, 19

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    15. Udgivet

      Short strong hydrogen bonds in proteins: a case study of rhamnogalacturonan acetylesterase

      Langkilde, Annette Eva, Kristensen, S. M., Lo Leggio, Leila, Mølgaard, A., Jensen, Jan Halborg, Houk, A. R., Poulsen, Jens-Christian Navarro, Larsen, Sine & Kauppinen, S., 2008, I: Acta Crystallographica. Section D: Biological Crystallography. 64, s. 851-863

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    16. Udgivet

      Very Fast Prediction and Rationalization of pKa Values for Protein-Ligand Complexes

      Bas, D. C., Rogers, D. M. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Proteins - Structure Function and Bioinformatics. 73, s. 765-783

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    17. 2009
    18. Udgivet

      Analytic gradient for the adaptive frozen orbital bond detachment in the fragment molecular orbital method

      Fedorov, D. G., Avramov, P. V., Jensen, Jan Halborg & Kitaura, K., 2009, I: Chemical Physics Letters. 477, 1-3, s. 169-175 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    19. Udgivet

      Calculations of Reduction Potentials and pKa Values

      Li, H. & Jensen, Jan Halborg, 2009, Computational Inorganic and Bioinorganic Chemistry. Solomon, E. I., Scott, R. A. & King, R. B. (red.). Wiley, s. 109-122 14 s.

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning

    20. 2010
    21. Udgivet

      Energy Gradients in Combined Fragment Molecular Orbital and Polarizable Continuum Model (FMO/PCM) Calculation

      Li, H., Fedorov, D. G., Nagata, T., Kitaura, K., Jensen, Jan Halborg & Gordon, M. S., 2010, I: Journal of Computational Chemistry. 32, s. 778-790

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    22. Udgivet

      Exchange repulsion between effective fragment potentials and ab initio molecules

      Kemp, D. D., Rintelman, J. M., Gordon, M. S. & Jensen, Jan Halborg, 2010, I: Theoretical Chemistry Accounts. 125, s. 481–491

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    23. Udgivet

      Molecular modeling basics

      Jensen, Jan Halborg, 2010, CRC Press. 175 s.

      Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Forskning › fagfællebedømt

    24. Udgivet

      The Effective Fragment Molecular Orbital Method: A Merger of the Fragment Molecular Orbital and Effective Fragment Potential Methods

      Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2010, I: Journal of Physical Chemistry A. 114, s. 8705-8712

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    25. 2011
    26. Udgivet

      Graphical analysis of pH-dependent properties of proteins predicted using PROPKA

      Rostkowski, M. P., Olsson, M. H. M., Søndergaard, C. R. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: B M C Structural Biology. 11, 6

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    27. Udgivet

      Improved Treatment of Ligands and Coupling Effects in Empirical Calculation and Rationalization of pKa Values

      Søndergaard, C. R., Olsson, M. H. M., Rostkowski, M. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 7, s. 2284-2295 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    28. Udgivet

      PROPKA3: Consistent Treatment of Internal and Surface Residues in Empirical pKa Predictions

      Olsson, M. H. M., Søndergaard, C. R., Rostkowski, M. P. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 2, s. 525-537

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    29. Udgivet

      Predicting and rationalizing the effect of surface charge distribution and orientation on nanowire based bioFET sensors

      De Vico, L., Iversen, L., Sørensen, M. H., Brandbyge, M., Nygård, Jesper, Martinez, Karen Laurence & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Nanoscale. 3, 9, s. 3635-3640 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    30. Udgivet

      Quantifying signal changes in nano-wire based biosensors

      De Vico, L., Sørensen, M. H., Iversen, L., Rogers, D. M., Sørensen, B. S., Brandbyge, M., Nygård, Jesper, Martinez, Karen Laurence & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Nanoscale. 3, s. 706-717 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    31. Udgivet

      Definitive Benchmark Study of Ring Current Effects on Amide Proton Chemical Shifts

      Christensen, A. S., Sauer, Stephan P. A. & Jensen, Jan Halborg, 1 jun. 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 7, s. 2078 2084 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    32. 2012
    33. Udgivet

      A computational methodology to screen activities of enzyme variants

      Hediger, M. R., De Vico, L., Svendsen, A., Besenmatter, W. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: P L o S One. 7, 12, 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    34. Udgivet

      BioFET-SIM web interface: implementation and two applications

      Hediger, M. R., Jensen, Jan Halborg & De Vico, L., 2012, I: P L o S One. 7, 10, 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    35. Udgivet

      FragIt: a tool to prepare input files for fragment based quantum chemical calculations

      Svendsen, C. S., Ibsen, M. W., Hansen, A. S. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: PLoS ONE. 7, 9, 10 s., e44480.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    36. Udgivet

      The effective fragment molecular orbital method for fragments connected by covalent bonds

      Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: P L o S One. 7, 7, 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    37. 2013
    38. Udgivet

      In silico screening of 393 mutants facilitates enzyme engineering of amidase activity in CalB

      Hediger, M. R., De Vico, L., Rannes, J. B., Jäckel, C., Besenmatter, W., Svendsen, A. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PeerJ. 1, 15 s., e145.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    39. Udgivet

      A computational method for the systematic screening of reaction barriers in enzymes: searching for Bacillus circulans xylanase mutants with greater activity towards a synthetic substrate

      Hediger, M. R., Svendsen, C. S., De Vico, L. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PeerJ. 1, 19 s., e111.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    40. Udgivet

      BioFET-SIM: a tool for the analysis and prediction of signal changes in nanowire-based field effect transistor biosensors

      Hediger, M. R., Martinez, Karen Laurence, Nygård, Jesper, Brandbyge, M., Jensen, Jan Halborg & De Vico, L., 2013, Nanoscale sensors. 978-3-319-02771-5: Springer, s. 55-86 32 s. (Lecture Notes in Nanoscale Science and Technology, Bind 15).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

    41. Udgivet

      Effects of buffer composition and dilution on nanowire field-effect biosensors

      Lloret, N. D. C., Frederiksen, R. S., Møller, T. C., Rieben, N. I., Upadhyay, S., De Vico, L., Jensen, Jan Halborg, Nygård, Jesper & Martinez, Karen Laurence, 2013, I: Nanotechnology. 24, 3, 035501.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    42. Udgivet

      Fully integrated effective fragment molecular orbital method

      Pruitt, S. R., Svendsen, C. S., Jensen, Jan Halborg & Gordon, M. S., 2013, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 9, 5, s. 2235-2249 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    43. Udgivet

      Interface of the polarizable continuum model of solvation with semi-empirical methods in the GAMESS program

      Svendsen, C. S., Blædel, K. L., Christensen, A. S. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PloS one. 8, 7, 6 s., e67725.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    44. Udgivet

      Mapping enzymatic catalysis using the effective fragment molecular orbital method: towards all ab initio biochemistry

      Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLOS ONE. 8, 4, 11 s., e60602.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    45. Udgivet

      PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure

      Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    46. Udgivet

      Predicting pKa for proteins using COSMO-RS

      Andersson, M. P., Jensen, Jan Halborg & Stipp, S. L. S., 2013, I: PeerJ. 1, 7 s., e198.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    47. Udgivet

      Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics

      Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, Wouter, Lindorff-Larsen, Kresten, Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    48. Udgivet

      The molecule calculator: a web application for fast quantum mechanics-based estimation of molecular properties

      Jensen, Jan Halborg & Kromann, J. C., 2013, I: Journal of Chemical Education. 90, 8, s. 1093-1095 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    49. 2014
    50. Udgivet

      In Silico prediction of mutant HIV-1 proteases cleaving a target sequence

      Jensen, Jan Halborg, Willemoës, Martin, Winther, Jakob R. & De Vico, L., 2014, I: P L o S One. 9, 5, 11 s., 5.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    51. Udgivet

      A third-generation dispersion and third-generation hydrogen bonding corrected PM6 method: PM6-D3H+

      Kromann, J. C., Christensen, A. S., Svendsen, C. S., Korth, M. & Jensen, Jan Halborg, 2014, I: PeerJ. 2, s. e449

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    52. Udgivet

      FragBuilder: an efficient Python library to setup quantum chemistry calculations on peptides models

      Christensen, A. S., Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2014, I: PeerJ. 2, e277.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    53. Udgivet

      Hybrid RHF/MP2 geometry optimizations with the effective fragment molecular orbital method

      Christensen, A. S., Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2014, I: PloS one. 9, 2, 6 s., e88800.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    54. Udgivet

      Indium arsenide nanowire field-effect transistors for pH and biological sensing

      Upadhyay, S., Frederiksen, R. S., Lloret, N. D. C., De Vico, L., Krogstrup, Peter, Jensen, Jan Halborg, Martinez, Karen Laurence & Nygård, Jesper, 2014, I: Applied Physics Letters. 104, 20, 5 s., 203504.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    55. Udgivet

      Rationalization of the pKa values of alcohols and thiols using atomic charge descriptors and its application to the prediction of amino acid pKa's

      Ugur, I., Marion, A., Parant, S., Jensen, Jan Halborg & Monard, G., 2014, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 54, 8, s. 2200-2213 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    56. 2015
    57. Udgivet

      Bayesian inference of protein structure from chemical shift data

      Bratholm, L. A., Christensen, A. S., Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2015, I: PeerJ. 3, 19 s., e861.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    58. Udgivet

      Effect of mutations on the thermostability of Aspergillus aculeatus β-1,4-galactanase

      Torpenholt, S. K., De Maria, L., Olsson, M. H. M., Christensen, L. H., Skjøt, M., Westh, P., Jensen, Jan Halborg & Lo Leggio, Leila, 2015, I: Computational and Structural Biotechnology Journal. 13, s. 256-264 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    59. Udgivet

      Predicting accurate absolute binding energies in aqueous solution: thermodynamic considerations for electronic structure methods

      Jensen, Jan Halborg, 2015, I: Physical chemistry chemical physics : PCCP. 17, 19, s. 12441-12451 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    Forrige 1 2 Næste

    ID: 4057