Jan Halborg Jensen
Professor
- Udgivet
What the Heck?-Automated Regioselectivity Calculations of Palladium-Catalyzed Heck Reactions Using Quantum Chemistry
Ree, Nicolai, Goeller, A. H. & Jensen, Jan Halborg, 2 dec. 2022, I: ACS Omega. 7, 49, s. 45617–45623 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Virtual screening of norbornadiene-based molecular solar thermal energy storage systems using a genetic algorithm
Ree, Nicolai, Koerstz, M., Mikkelsen, Kurt Valentin & Jensen, Jan Halborg, 14 nov. 2021, I: Journal of Chemical Physics. 155, 18, 7 s., 184105.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Very Fast Prediction and Rationalization of pKa Values for Protein-Ligand Complexes
Bas, D. C., Rogers, D. M. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Proteins - Structure Function and Bioinformatics. 73, s. 765-783Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Using a genetic algorithm to find molecules with good docking scores
Steinmann, C. & Jensen, Jan Halborg, 2021, I: PeerJ Physical Chemistry. 3, 15 s., e18.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Uncertain of uncertainties? A comparison of uncertainty quantification metrics for chemical data sets
Rasmussen, Maria Harris, Duan, C., Kulik, H. J. & Jensen, Jan Halborg, 2023, I: Journal of Cheminformatics. 15, 1, 17 s., 121.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Towards a barrier height benchmark set for biologically relevant systems
Kromann, J. C., Christensen, A. S., Cui, Q. & Jensen, Jan Halborg, 2016, I: PeerJ. 4, 17 s., e1994.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Toward De Novo Catalyst Discovery: Fast Identification of New Catalyst Candidates for Alcohol-Mediated Morita–Baylis–Hillman Reactions**
Rasmussen, Maria Harris, Seumer, Julius Johannes & Jensen, Jan Halborg, 2023, I: Angewandte Chemie - International Edition. 62, 49, 9 s., e202310580.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The molecule calculator: a web application for fast quantum mechanics-based estimation of molecular properties
Jensen, Jan Halborg & Kromann, J. C., 2013, I: Journal of Chemical Education. 90, 8, s. 1093-1095 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The effective fragment potential: a general method for predicting intermolecular interactions
Gordon, M. S., Slipchenko, L., Li, H. & Jensen, Jan Halborg, 2007, Annual Reports in Computational Chemistry. Spellmeyer, D. C. & Wheeler, R. A. (red.). Elsevier, Bind 3. s. 177-193Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning
- Udgivet
The effective fragment molecular orbital method for fragments connected by covalent bonds
Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: P L o S One. 7, 7, 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Effective Fragment Molecular Orbital Method: A Merger of the Fragment Molecular Orbital and Effective Fragment Potential Methods
Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2010, I: Journal of Physical Chemistry A. 114, s. 8705-8712Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Bicyclo[2.2.2]octane Motif: A Class of Saturated Group 14 Quantum Interference Based Single-Molecule Insulators
Garner, M. H., Koerstz, M., Jensen, Jan Halborg & Solomon, Gemma C., 2018, I: The Journal of Physical Chemistry Letters. 9, 24, s. 6941-6947 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Surface Reactions of Carbon Dioxide at the Adsorbed Water – Oxide Interface
Baltrusaitis, J., Schuttlefield, J. D., Zeitler, E., Jensen, Jan Halborg & Grassian, V. H., 2007, I: Journal of Physical Chemistry C. 111, s. 14870-14880Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sugar folding: A novel structural prediction tool for oligosaccharides and polysaccharides II
Xia, J., Daly, R. P., Chuang, F., Parker, L. L., Jensen, Jan Halborg & Margulis, C. J., 2007, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 3, s. 1629-1643Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sugar folding: A novel structural prediction tool for oligosaccharides and polysaccharides I
Xia, J., Daly, R. P., Chuang, F., Parker, L. L., Jensen, Jan Halborg & Margulis, C. J., 2007, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 3, s. 1620-1628Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Substituent Control of σ-Interference Effects in the Transmission of Saturated Molecules
Garner, M. H., Koerstz, M., Jensen, Jan Halborg & Solomon, Gemma C., 14 apr. 2022, I: ACS Physical Chemistry Au. 2, 4, s. 282-288 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Short strong hydrogen bonds in proteins: a case study of rhamnogalacturonan acetylesterase
Langkilde, Annette Eva, Kristensen, S. M., Lo Leggio, Leila, Mølgaard, A., Jensen, Jan Halborg, Houk, A. R., Poulsen, Jens-Christian Navarro, Larsen, Sine & Kauppinen, S., 2008, I: Acta Crystallographica. Section D: Biological Crystallography. 64, s. 851-863Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Role of the virtual orbitals and HOMO-LUMO gap in mean-field approximations to the conductance of molecular junctions
Cehovin, A., Mera Couto, H., Jensen, Jan Halborg, Stokbro, K. & Pedersen, T. B., 2008, I: Physical Review B Condensed Matter. 77, 19Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RegioSQM20: improved prediction of the regioselectivity of electrophilic aromatic substitutions
Ree, Nicolai, Göller, A. H. & Jensen, Jan Halborg, 1 dec. 2021, I: Journal of Cheminformatics. 13, 1, 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RegioML: predicting the regioselectivity of electrophilic aromatic substitution reactions using machine learning
Ree, Nicolai, Göller, A. H. & Jensen, Jan Halborg, 2022, I: Digital Discovery. 1, 2, s. 108-114 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rationalization of the pKa values of alcohols and thiols using atomic charge descriptors and its application to the prediction of amino acid pKa's
Ugur, I., Marion, A., Parant, S., Jensen, Jan Halborg & Monard, G., 2014, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 54, 8, s. 2200-2213 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rationalization of the Difference in Lifetime of Two Covalent Sialosyl-Enzyme Intermediates in Trypanosoma rangeli Sialidase
Parker, L. L., Chung, Y., Margulis, C. J. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Journal of Physical Chemistry B. 112, s. 14093-14095Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Random versus Systematic Errors in Reaction Enthalpies Computed Using Semiempirical and Minimal Basis Set Methods
Kromann, J. C., Welford, A., Christensen, A. S. & Jensen, Jan Halborg, 2018, I: ACS Omega. 3, 4, s. 4372-4377 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantifying signal changes in nano-wire based biosensors
De Vico, L., Sørensen, M. H., Iversen, L., Rogers, D. M., Sørensen, B. S., Brandbyge, M., Nygård, Jesper, Martinez, Karen Laurence & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Nanoscale. 3, s. 706-717 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein – Protein Binding is Often Associated With Changes in Protonation State
Mason, A. C. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Proteins - Structure Function and Bioinformatics. 71, 1, s. 81-91Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, Wouter, Lindorff-Larsen, Kresten, Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein structure refinement using a quantum mechanics-based chemical shielding predictor
Bratholm, L. A. & Jensen, Jan Halborg, 2017, I: Chemical Science. 8, 3, s. 2061-2072 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ProCS15: a DFT-based chemical shift predictor for backbone and Cβatoms in proteins
Larsen, A. S., Bratholm, L. A., Christensen, A. S., Channir, M. & Jensen, Jan Halborg, 2015, I: PeerJ. 3, 19 s., e1344.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction of pKa values using the PM6 semiempirical method
Kromann, J. C., Larsen, F., Moustafa, H. & Jensen, Jan Halborg, 2016, I: PeerJ. 4, 16 s., e2335.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction of pKa values for druglike molecules using semiempirical quantum chemical methods
Jensen, Jan Halborg, Swain, C. J. & Olsen, L., 2017, I: Journal of Physical Chemistry Part A: Molecules, Spectroscopy, Kinetics, Environment and General Theory. 121, 3, s. 699-707 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction and rationalization of the pH-dependence of activity and stability of family 11 xylanases
Kongsted, J., Ryde, U., Wydra, J. & Jensen, Jan Halborg, 2007, I: Biochemistry. 46, s. 13581-13592Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting pKa for proteins using COSMO-RS
Andersson, M. P., Jensen, Jan Halborg & Stipp, S. L. S., 2013, I: PeerJ. 1, 7 s., e198.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting and rationalizing the effect of surface charge distribution and orientation on nanowire based bioFET sensors
De Vico, L., Iversen, L., Sørensen, M. H., Brandbyge, M., Nygård, Jesper, Martinez, Karen Laurence & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Nanoscale. 3, 9, s. 3635-3640 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting accurate absolute binding energies in aqueous solution: thermodynamic considerations for electronic structure methods
Jensen, Jan Halborg, 2015, I: Physical chemistry chemical physics : PCCP. 17, 19, s. 12441-12451 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PROPKA3: Consistent Treatment of Internal and Surface Residues in Empirical pKa Predictions
Olsson, M. H. M., Søndergaard, C. R., Rostkowski, M. P. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 2, s. 525-537Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure
Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations
Dolinsky, T. J., Czodrowski, P., Li, H., Jensen, Jan Halborg, Nielsen, J., Klebe, G. & Baker, N. A., 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, s. W522-W525Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Molecular modeling basics
Jensen, Jan Halborg, 2010, CRC Press. 175 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mapping enzymatic catalysis using the effective fragment molecular orbital method: towards all ab initio biochemistry
Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLOS ONE. 8, 4, 11 s., e60602.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Intermolecular interactions in the condensed phase: Evaluation of semi-empirical quantum mechanical methods
Christensen, A. S., Kromann, J. C., Jensen, Jan Halborg & Cui, Q., 2017, I: Journal of Chemical Physics. 147, 16, 8 s., 161704.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interface of the polarizable continuum model of solvation with semi-empirical methods in the GAMESS program
Svendsen, C. S., Blædel, K. L., Christensen, A. S. & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PloS one. 8, 7, 6 s., e67725.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Indium arsenide nanowire field-effect transistors for pH and biological sensing
Upadhyay, S., Frederiksen, R. S., Lloret, N. D. C., De Vico, L., Krogstrup, Peter, Jensen, Jan Halborg, Martinez, Karen Laurence & Nygård, Jesper, 2014, I: Applied Physics Letters. 104, 20, 5 s., 203504.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improving solvation energy predictions using the SMD solvation method and semiempirical electronic structure methods
Kromann, J. C., Steinmann, C. & Jensen, Jan Halborg, 14 sep. 2018, I: Journal of Chemical Physics. 149, 10, 8 s., 104102 .Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improved Treatment of Ligands and Coupling Effects in Empirical Calculation and Rationalization of pKa Values
Søndergaard, C. R., Olsson, M. H. M., Rostkowski, M. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 7, s. 2284-2295 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hybrid RHF/MP2 geometry optimizations with the effective fragment molecular orbital method
Christensen, A. S., Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2014, I: PloS one. 9, 2, 6 s., e88800.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High throughput virtual screening of 230 billion molecular solar heat battery candidates
Koerstz, M., Christensen, A. S., Mikkelsen, Kurt Valentin, Nielsen, Mogens Brøndsted & Jensen, Jan Halborg, 2021, I: PeerJ Physical Chemistry. 3, 18 s., e16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Graphical analysis of pH-dependent properties of proteins predicted using PROPKA
Rostkowski, M. P., Olsson, M. H. M., Søndergaard, C. R. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: B M C Structural Biology. 11, 6Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic algorithm-based re-optimization of the Schrock catalyst for dinitrogen fixation
Strandgaard, Magnus, Seumer, Julius Johannes, Benediktsson, B., Bhowmik, A., Vegge, T. & Jensen, Jan Halborg, 2023, I: PeerJ Physical Chemistry. 5, 17 s., e30.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fully integrated effective fragment molecular orbital method
Pruitt, S. R., Svendsen, C. S., Jensen, Jan Halborg & Gordon, M. S., 2013, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 9, 5, s. 2235-2249 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
FragIt: a tool to prepare input files for fragment based quantum chemical calculations
Svendsen, C. S., Ibsen, M. W., Hansen, A. S. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: PLoS ONE. 7, 9, 10 s., e44480.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4057
Flest downloads
-
2307
downloads
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1766
downloads
BioFET-SIM web interface: implementation and two applications
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1658
downloads
A computational method for the systematic screening of reaction barriers in enzymes: searching for Bacillus circulans xylanase mutants with greater activity towards a synthetic substrate
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet