Jan Halborg Jensen

Jan Halborg Jensen

Professor


  1. 2012
  2. Udgivet

    A computational methodology to screen activities of enzyme variants

    Hediger, M. R., De Vico, L., Svendsen, A., Besenmatter, W. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: P L o S One. 7, 12, 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    BioFET-SIM web interface: implementation and two applications

    Hediger, M. R., Jensen, Jan Halborg & De Vico, L., 2012, I: P L o S One. 7, 10, 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    FragIt: a tool to prepare input files for fragment based quantum chemical calculations

    Svendsen, C. S., Ibsen, M. W., Hansen, A. S. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: PLoS ONE. 7, 9, 10 s., e44480.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    The effective fragment molecular orbital method for fragments connected by covalent bonds

    Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2012, I: P L o S One. 7, 7, 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. 2011
  7. Udgivet

    Definitive Benchmark Study of Ring Current Effects on Amide Proton Chemical Shifts

    Christensen, A. S., Sauer, Stephan P. A. & Jensen, Jan Halborg, 1 jun. 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 7, s. 2078 2084 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Graphical analysis of pH-dependent properties of proteins predicted using PROPKA

    Rostkowski, M. P., Olsson, M. H. M., Søndergaard, C. R. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: B M C Structural Biology. 11, 6

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Improved Treatment of Ligands and Coupling Effects in Empirical Calculation and Rationalization of pKa Values

    Søndergaard, C. R., Olsson, M. H. M., Rostkowski, M. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 7, s. 2284-2295 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    PROPKA3: Consistent Treatment of Internal and Surface Residues in Empirical pKa Predictions

    Olsson, M. H. M., Søndergaard, C. R., Rostkowski, M. P. & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 7, 2, s. 525-537

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Predicting and rationalizing the effect of surface charge distribution and orientation on nanowire based bioFET sensors

    De Vico, L., Iversen, L., Sørensen, M. H., Brandbyge, M., Nygård, Jesper, Martinez, Karen Laurence & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Nanoscale. 3, 9, s. 3635-3640 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Quantifying signal changes in nano-wire based biosensors

    De Vico, L., Sørensen, M. H., Iversen, L., Rogers, D. M., Sørensen, B. S., Brandbyge, M., Nygård, Jesper, Martinez, Karen Laurence & Jensen, Jan Halborg, 2011, I: Nanoscale. 3, s. 706-717 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. 2010
  14. Udgivet

    Energy Gradients in Combined Fragment Molecular Orbital and Polarizable Continuum Model (FMO/PCM) Calculation

    Li, H., Fedorov, D. G., Nagata, T., Kitaura, K., Jensen, Jan Halborg & Gordon, M. S., 2010, I: Journal of Computational Chemistry. 32, s. 778-790

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Exchange repulsion between effective fragment potentials and ab initio molecules

    Kemp, D. D., Rintelman, J. M., Gordon, M. S. & Jensen, Jan Halborg, 2010, I: Theoretical Chemistry Accounts. 125, s. 481–491

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Molecular modeling basics

    Jensen, Jan Halborg, 2010, CRC Press. 175 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportBogForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    The Effective Fragment Molecular Orbital Method: A Merger of the Fragment Molecular Orbital and Effective Fragment Potential Methods

    Svendsen, C. S., Fedorov, D. G. & Jensen, Jan Halborg, 2010, I: Journal of Physical Chemistry A. 114, s. 8705-8712

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. 2009
  19. Udgivet

    Analytic gradient for the adaptive frozen orbital bond detachment in the fragment molecular orbital method

    Fedorov, D. G., Avramov, P. V., Jensen, Jan Halborg & Kitaura, K., 2009, I: Chemical Physics Letters. 477, 1-3, s. 169-175 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Calculations of Reduction Potentials and pKa Values

    Li, H. & Jensen, Jan Halborg, 2009, Computational Inorganic and Bioinorganic Chemistry. Solomon, E. I., Scott, R. A. & King, R. B. (red.). Wiley, s. 109-122 14 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskning

  21. 2008
  22. Udgivet

    Calculating pH and salt dependence of protein-protein binding

    Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Current Pharmaceutical Biotechnology. 9, s. 96-102

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Covalent bond fragmentation suitable to describe surfaces in the fragment molecular orbital method

    Fedorov, D. G., Deka, R. C., Kitaura, K. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Journal of Physical Chemistry A. 112, s. 11808–11816

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Protein – Protein Binding is Often Associated With Changes in Protonation State

    Mason, A. C. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Proteins - Structure Function and Bioinformatics. 71, 1, s. 81-91

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Rationalization of the Difference in Lifetime of Two Covalent Sialosyl-Enzyme Intermediates in Trypanosoma rangeli Sialidase

    Parker, L. L., Chung, Y., Margulis, C. J. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Journal of Physical Chemistry B. 112, s. 14093-14095

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Role of the virtual orbitals and HOMO-LUMO gap in mean-field approximations to the conductance of molecular junctions

    Cehovin, A., Mera Couto, H., Jensen, Jan Halborg, Stokbro, K. & Pedersen, T. B., 2008, I: Physical Review B Condensed Matter. 77, 19

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Short strong hydrogen bonds in proteins: a case study of rhamnogalacturonan acetylesterase

    Langkilde, Annette Eva, Kristensen, S. M., Lo Leggio, Leila, Mølgaard, A., Jensen, Jan Halborg, Houk, A. R., Poulsen, Jens-Christian Navarro, Larsen, Sine & Kauppinen, S., 2008, I: Acta Crystallographica. Section D: Biological Crystallography. 64, s. 851-863

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Very Fast Prediction and Rationalization of pKa Values for Protein-Ligand Complexes

    Bas, D. C., Rogers, D. M. & Jensen, Jan Halborg, 2008, I: Proteins - Structure Function and Bioinformatics. 73, s. 765-783

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. 2007
  30. Udgivet

    FTIR Spectroscopy Combined with Quantum Chemical Calculations to Investigate Adsorbed Nitrate on Aluminum Oxide Surfaces in the Presence and Absence of Co-Adsorbed Water

    Baltrusaitis, J., Schuttlefield, J. D., Jensen, Jan Halborg & Grassian, V. H., 2007, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 9, s. 4970-4981

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations

    Dolinsky, T. J., Czodrowski, P., Li, H., Jensen, Jan Halborg, Nielsen, J., Klebe, G. & Baker, N. A., 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, s. W522-W525

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 4057